باغ موزه قصر تهران اولین زندان پایتخت است که تاریخچه جالب و جذابی دارد. این مجموعه ابتدا به عنوان قصر فتحعلی شاه در خارج از شهر بنا شد تا تفرجگاهی برای شاه و درباریانش باشد.
این باغ موزه در ابتدا به دستور فتحعلی شاه قاجار در خارج از تهران ساخته شد تا قصری بزرگ برای استراحت و تفریح باشد.
قصر فتحعلی شاه از بخش‌های مختلف مانند اندرونی، کلاه فرنگی و استخر تشکیل شده بود؛ اما با این وجود ناصرالدین شاه علاقه‌ای به این بنا نشان نداد و آن را به مکانی برای استراحت قوای قزاق تبدیل کرد.
پس از او و در زمان مظفرالدین شاه نیز این قصر دوباره تغییر کاربری داد و به عنوان شهربانی از آن استفاده شد. بعدها که پهلوی روی کار آمد، به دلیل کمبود جا برای نگهداری زندانی‌ها، دستور داد تا این بنا به عنوان زندان استفاده شود تا ساخت زندان جدید به اتمام برسد.
زندان قصر در 11 آذر سال 1308 به دستور رضا شاه بازگشایی شد. تا پیش ساخت زندان اوین، قصر تنها زندان موجود در تهران بود که چهره‌های سیاسی و انقلابی زیادی را به خود دید.
پس از انقلاب نیز، باغ موزه قصر تهران برای زندانی کردن افراد غیرسیاسی استفاده می‌شد تا این که در سال 1383 این زندان تعطیل شد. پس از تعطیلی زندان قصر، در سال 1391 شهرداری تهران این قصر را به باغ موزه تبدیل کرد تا عموم مردم بتوانند از آن دیدن کنند.