محل قدیمی حوضخانه باغ نگارستان، سالهاست که نام «موزه هنرهای ملی» را یدک می کشد؛ بنایی که بخشی از باغ بسیار بزرگ نگارستان بوده که در دوره پهلوی با برخی از تغییر کاربری ها به وزارتخانه تبدیل شد که امروزه وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی و سازمان برنامه و بودجه بخشی از آن محسوب می شود. همچنین در تاریخ به ثبت رسیده که در بالاخانه این حوضخانه، قائم مقام فراهانی در دوره محمدشاه قاجار به قتل رسیده است.
این موزه در واقع نخستین موزه ایرانی است که در سال 1309 با هنر استاد طاهر بهزاد تبدیل به پاتوقی برای هنر نگارگری و مینیاتور شد.این اثر در تاریخ ۲۸ بهمن ۱۳۶۹ با شمارهٔ ثبت ۱۷۳۲ به عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است. یکی از دیدنی ترین اشیای این موزه «منبر» منبتی است که به همت هنرمندان ایرانی برای مسجد مسلمانان هامبورگ ساخته شده است.