کلیسای هوهانس مقدس یا کلیسای سن هوهانس (به ارمنی: Սուրբ Հովհաննես եկեղեցի) یکی از کلیساهای ارامنهٔ کاتولیک است و نام آن برگرفته از اسم یکی از حواریون عیسی به‌نام یوحنا که ارامنه به آن «هوهانس» می‌گویند، گرفته شده‌است. این کلیسا در داخل شهر مراغه واقع شده و تنها کلیسای موجود در این شهر است.
در ادامه ویدیویی تماشایی از این کلیسا در دل برف که “چند ثانیه" منتشر کرده است مشاهده می‌کنیم:
تاریخ بنای این کلیسا را قرن ۵ و ۶ میلادی می‌دانند. بنای اصلی کلیسا بارها بر اثر عوامل مختلف تخریب شد و بنای فعلی در سال ۱۸۴۰ میلادی به ابتکار سردار سامسون خان و توسط معماران روسی و فرانسوی ساخته شد. بنا به صورت مستطیل با نمای آجری ساخته شده‌است.
کلیسای هوهانس مراغه در دوران حکومت ایلخانان مغول از موقعیت خاصی برخوردار بوده‌است؛ ولی در زمان حاضر این کلیسا به‌دلیل مهاجرت ارامنه به تهران و شهرهای دیگر، عملاً بدون استفاده باقی مانده‌است.